Կիոտոյի խիզախ նինձան, իր հրամանի ղեկավարի հանձնարարությամբ, պետք է գնա Մութ երկրներ և այնտեղ գտնի հնագույն արտեֆակտներ։ Դուք Ninja vs Zombies խաղում կմիանաք նրան այս արկածախնդրության մեջ: Ձեր հերոսը պետք է անցնի բազմաթիվ վայրերով և հաղթահարի տարբեր վտանգներ: Զոմբիների հորդաները թափառում են այն վայրերում, որոնց հետ ձեր հերոսը պետք է կռվի: Նրանց հետ մարտի մեջ մտնելով՝ հերոսը կօգտագործի տարբեր զենքեր։ Ոչնչացնելով կենդանի մեռելներին՝ դուք միավորներ կվաստակեք, ինչպես նաև կարող եք գավաթներ հավաքել, որոնք դուրս կգան դրանցից: Ստացած միավորներով դուք կարող եք ձեռք բերել տարբեր զենքեր և զինամթերք ձեր կերպարի համար խաղի խանութից: