Խիզախ նինձան բազմաթիվ թշնամիներ ձեռք բերեց իր ամբողջականության և անզիջում վերաբերմունքի պատճառով այն ամենի նկատմամբ, ինչը վնաս է պատճառում անմեղ մարդկանց: Ninjas Return խաղում դուք կհանդիպեք հերոսին նրա կյանքի ամենամութ օրերից մեկում: Նա վերադարձավ տուն, բայց ընտանիքի հետ ուրախ հանդիպման փոխարեն ականատես եղավ, թե ինչպես է իր թշնամին՝ Սև Նինջան, առևանգել է կնոջը և տարել անհայտ ուղղությամբ։ Հերոսը անմիջապես գնում է հետապնդման, բայց թշնամին պատրաստ է, նա կփորձի կանգնեցնել հերոսին իր մինիոնների և անտառային հրեշների օգնությամբ Ninjas Return-ում։
