Sonic Advance 3 խաղի երրորդ մասում դուք կշարունակեք օգնել խիզախ Սոնիկին և նրա ընկերներին պայքարել խելագար դոկտոր Չարի դեմ: Խենթը ցանկանում է մի ամբողջ քաղաք կառուցել, որտեղ հրեշներ կաճեցնեն: Դա անելու համար նրան պետք կգան Քաոսի քարերը: Sonic-ը պետք է նախ գտնի նրանց: Նախքան էկրանին տեսանելի կլինի ձեր բնավորությունը և նրա ուղեկիցը: Օգտագործելով կառավարման ստեղները՝ դուք միանգամից կվերահսկեք երկու հերոսների գործողությունները: Դուք պետք է ստիպեք նրանց տեղաշարժվել տեղանքով և ուշադիր ուսումնասիրել ամեն ինչ: Փնտրեք քարեր և առարկաներ, որոնք ցրված են ամբողջ տեղում և հավաքեք դրանք: Ձեր ճանապարհին դուք կհանդիպեք խոչընդոտների և թակարդների, որոնց վրայով ձեր հերոսները պետք է ցատկեն: Եթե նրանք հանդիպեն հրեշների, ապա հերոսները կկարողանան շրջանցել նրանց կամ ոչնչացնել նրանց՝ միանալով ճակատամարտին։ Հակառակորդներին սպանելու համար ձեզ միավորներ կտրվեն Sonic Advance 3-ում: