Սոնիկը հնարավորություն ունի գործ ունենալ իր հին թշնամու Նակկլսի հետ: Կապույտ ոզնին անսպասելի տեղեկություն է ստացել հակառակորդի գտնվելու վայրի մասին և մտադիր է գնալ այնտեղ։ Իրենց ընկերոջ և օգնական Թեյլսի հետ հերոսները կղզի կուղևորվեն ինքնաթիռով։ Վայրէջքից հետո նրանք կհանդիպեն Նուքլսին, բայց նա արագ կվերանա։ Դուք պետք է օգնեք Սոնիկին և նրա ընկերոջը հետապնդել չարագործին: Նա շատ թակարդներ դրեց կղզու վրա, որպեսզի ոչ ոք չկարողանա հասնել նրան, բայց Sonic-ին հնարավոր չէ կանգնեցնել, և դուք խստորեն կվերահսկեք հերոսի շարժումը՝ թույլ չտալով նրան բախվել սուր բծերի մեջ: Հավաքեք մատանիներ, դրանք միշտ օգտակար կլինեն հերոսին Sonic 3 & Knuckles-ում: