Սնկերի թագավորությունում կրկին խնդիրներ, դիմակներով և խալաթներով անհայտ արարածներ ներխուժեցին երկիր, և դրանք ոչ թե մարդիկ են, այլ, ըստ երևույթին, ռոբոտներ, որոնք հակադրվում են բոլոր կենդանի էակներին: Նրանք լավ զինված են, և զենքը երկրային ծագում չունի: Բայց մեր հերոս Մարիոն նույնպես կարոտ չէ Super Mario Mission Impossible- ում: Նա ձեռքի տակ ունի հզոր պայթուցիկ սարք, որը կրակում է մահացու լազերային ճառագայթով `անշուշտ ոչնչացնելու անսովոր թշնամիներին: Բայց կա միայն մեկ ջրմուղագործ, և կան բազմաթիվ ռոբոտներ, այնպես որ շտապեք նրան օգնության և ոչնչացրեք բոլոր նրանց, ովքեր կհանդիպեն նրան իր ճանապարհին: Հերոսը անընդհատ կշարժվի, և կարևոր է թույլ չտալ, որ թշնամին չափազանց մոտենա Super Mario Mission Impossible- ում:
