Մինչ այժմ, Մարիոն ստիպված էր զբաղվել միայն չար սնկով, խխունջներով և իր հավերժական թշնամի Բոուզերի այլ կրակոցներով: Բայց դրանք պարզապես ծաղիկներ են `համեմատած այն բանի հետ, ինչ նրան սպասում է Super Mario Commander- ում: Տիեզերքից մի ստոր հարձակում անսպասելիորեն կատարվեց Մարիո աշխարհի վրա: Սարսափելի և արատավոր արարածները ՝ մինչև ատամները զինված, ավերածություններ գործեցին երբեմնի խաղաղ թագավորությունում: Մարիոն ստիպված կլինի լուրջ զենք վերցնել և սուպերհերոսի դեր կատարել: Եվ որպեսզի նա հաջողության հասնի, օգնեք սանտեխնիկին յուրացնել նոր դեր իր համար: Super Mario Commander- ում անհրաժեշտ է մաքրել հարթակները տիեզերական ծովահեններից և աշխարհը նորից երկիր բերել: