Ապոկալիպսիսը կարող է տեղի ունենալ տարբեր պատճառներով, Apocalypse Run խաղում դուք կօգնեք հերոսին, ով գտնվում էր մեքենաների ապստամբության արդյունքում հայտնված ապոկալիպսիսի կենտրոնում։ Արհեստական ինտելեկտը, որի տեսքը այնքան սպասված և այնքան հիացած էր իր արագ զարգացման համար, որոշեց, որ այժմ այն մարդկանց կարիք չունի: Ավելին, նրանք նույնիսկ վնասակար են, քանի որ ամեն ինչ սխալ են անում, հաճախ իռացիոնալ վարքագիծ են դրսեւորում, ոչնչացնում են շրջակա միջավայրն ու սպանում իրենց տեսակին։ Մեքենայի մտքում ամուր համոզմունք է ձևավորվել, որ մարդը մոլորակի գլխավոր չարիքն է և պետք է ոչնչացվի: Այսպիսով սկսվեց մարդկության համակարգված ոչնչացումը, և Apocalypse Run-ի հերոսը ցանկանում է խուսափել դրանից, և դուք կօգնեք նրան պայքարել ռոբոտների դեմ:
