Ben 10-ը օտար չէ այլ օտարերկրացիների խմբաքանակի ժամանմանը, որոնք ցանկանում են զրպարտել հողեղենը: Բայց այս անգամ Ben 10 Omnitrix Shadow- ում ամեն ինչ շատ ավելի լուրջացավ: Այլմոլորակայինները ղեկավարվում էին ասպետի կողմից սև զենքով, նա էներգիայի հոսք սկսեց դեպի Բեն ՝ այդ տղային վարակելով մուգ էներգիայով: Այնուհետև ներխուժողները արագ հեռացան: Հերոսում հաստատվել է մութ վիրուս, որը ժամանակի ընթացքում նրան վերածելու է չար հրեշի, ինչպես բոլոր նրանց, ովքեր ամենատարածված են: Իրավիճակը շտկելու և վիրուսից ազատվելու համար հարկավոր է գտնել երեք չարագործներին և ոչնչացնել դրանք: Օգնել կերպարը նորից դառնալ ինքն իրեն և կանխել վերափոխումը:
